ظهور مذهب پروتستان در اوایل قرن شانزدهم میلادی، شکاف عمیقی بین پیروان مسیحیت به وجود آورد و کاتولیکها و پروتستانها در طول سدههای پسازآن، بارها با هم به نزاع و نبرد پرداختند. یکی از جنگهای معروف طرفداران پروتستان با کاتولیک مذهبان، در دهه دوم قرن هفدهم میلادی به وقوع پیوست و در حدود سی سال به طول انجامید.
در روز ۲۳ مه ۱۶۱۸ میلادی، پروتستانهای چک که از محدود شدن آزادیهایشان توسط فردیناند دوم، امپراتوری مقدس روم نگران بودند، دو فرستاده وی را به قتل رساندند و بهاینترتیب جنگهای سیساله مذهبی در اروپا آغاز شد. این جنگها که عمدتاً در آلمان روی داد، فراز و نشیبهای زیادی داشت.
در طول جنگ، کشورهای فرانسه، سوئد و دانمارک در حمایت از پروتستانها و دولت اسپانیا و امپراتوری روم به طرفداری از کاتولیکها وارد جنگ شدند. سال ۱۶۴۳، در درگیری چند دههای بسیار مهم بود؛ در آن سال، دانمارک-نروژ دوباره اسلحه به دست گرفت و این بار در کنار هابسبورگها و امپراتوری روم جنگید.
در سال ۱۶۴۷، نیروهای هابسبورگ به فرماندهی اکتاویو پیکولومینی توانستند سوئدیها و فرانسویها را از اتریش کنونی عقب برانند.
سال بعد، در نبرد پراگ، آخرین نبرد مهم در جنگ ۳۰ ساله، سوئدیها قلعه پراگ را از کنترل نیروهای امپراتوری روم درآوردند، اما نتوانستند بخش عمدهای از شهر را تصرف کنند.
جنگهای سیساله مذهبی اروپا در نهایت، با انعقاد «پیمان وستفالی» در سال ۱۶۴۸ میلادی خاتمه یافت، اما اسپانیا و فرانسه تا امضای «پیمان پیرنه» در سال ۱۶۵۹ میلادی با هم درگیر بودند.
در این پیمان قرار بر این شد كه قدرت اقتصادی كلیسا تضعیف شود و به تعبیری، مراكز اقتصادی كه در سلطه كلیسا بودند از نفوذ كلیسا خارج گردند.
این جنگ همچنین قحطی و بیماریهای گوناگونی را به همراه داشت و باعث شد که کشور آلمان از جمعیت خالی شود بهطوریکه در جنوب آلمان تنها حدود یکسوم زنده ماندند.
هرچند که جنگ سی سال طول کشید ولی درگیری آن سیصد سال دیگر ادامه داشت. جنگهای سیساله، علاوه بر ویرانی و تجزیه آلمان و نیز تضعیف امپراتوری مقدس روم، قدرت یافتن فرانسه را در پی داشت.
این جنگ همچنین باعث ایجاد ترس از «دیگری» در جوامع در سراسر قاره اروپا شد و باعث افزایش بی اعتمادی در میان اقوام و مذاهب مختلف شد؛ احساساتی که تا به امروز ادامه دارد.
از نتایج مهم این جنگها، پایان نسبی درگیریهای مذهبی پروتستانها و کاتولیکها و آغاز رشد جریانهای ناسیونالیستی و ملیگرایی و نژادپرستی در اروپا بود.
در کنار این تأثیرات، تفکر جدایى دین از سیاست نیز سر برآورد و به عبارتی، یکی از وقایع مهم اجتماعی که زمینه جدایی نهاد دینی را از سیاست فراهم ساخت، همین جنگها و «پیمان وستفالی» بود.
امضای این پیمان در مبانی نظری تاریخ سیاسی، به ابتدای مطرح شدن کلمه «سکولار» مشهور است. اینجا نخستین مرتبهای است که بسیاری از املاک و مستغلات کلیسایی به غیرروحانی سپرده میشود و از آنها با پسوند «سکولار» نامبرده میشود و بدین شکل مراکز اقتصادی که در سلطه کلیسا بودند از نفوذ کلیسا خارج گشتند.
این جنگ با بیش از ۸ میلیون تلفات ناشی از نبردهای نظامی و همچنین قحطی و بیماری ناشی از درگیری، یکی از طولانیترین و وحشیانهترین جنگها در تاریخ بشر است.
امروزه آمریکاییها به دنبال شکل گیری جنگهای مذهبی ۳۰ ساله در جهان اسلام و بین شیعه و سنی به تقلید از جنگهای ۳۰ ساله کاتولیکها و پروتستانها در ۴۰۰ ساله گذشته اند، در جریان جنگهای مذهبی بین پروتستانها و کاتولیکها جنایاتهای وحشیانه اروپا مذهبی رقم خورد و قرار بود این پروژه را نیز با شکل دادن داعش در جهان اسلام و در راستای تضعیف شیعه و درگیری با اهل سنت رقم بزنند تا در نهایت نسل بعد جوانان که روی کار میآیند، بگویند نه شیعه و نه سنی بلکه اسلام باید کلا از صحنه اجتماعی خارج شود.
۱۱ تن از مقامات آمریکایی از جمله جان کری، برژینسکی و هنری کسینجر نیز به جنگهای مذهبی ۳۰ ساله اشاره کردند،
جنگهای مذهبی ۳۰ ساله یک توطئه جهانی برای نابودی اسلام و قرآن و به تفرقه کشیدن شیعه و سنی و به جنگ انداختن این دو گروه بود که مجمع جهانی تقریب مذاهب با گردهم آوردن علمای شیعه و سنی این توطئه را در یک دوره ۳ ساله جمع کرد.
در راستای مقابله با توطئه جنگهای مذهبی ۳۰ ساله شیعیان رسما شیعه تکفیری و تشیع انگلیس را تکثیر کردند و در سال ۹۵ نیز در شهر گروزنی علمای اهل سنت رسما طی یک بیانیهای وهابیت را بیرون از اهل سنت دانسته و آن را تردد کردند، با این وجود در سال ۹۴ جریان تشیع جریان تکفیری شیعه و در سال ۹۵ جریان اهل سنت وهابیت را رد و با این کار زمینه را برای نابودی داعش فراهم کردند؛ به گونهای که این گروه تروریستی در سوریه تار و مار شد و بخش عمده آنها از بین رفت و البته بخش دیگری از آنها را آمریکاییها به افغانستان منتقل کردند.